Эвглена зелёная может адаптироваться к недостатку света в водоёмах благодаря способности переходить на альтернативный способ питания. 1

На свету эвглена питается за счёт процесса фотосинтеза, но в темноте и при обилии органической пищи она переходит на гетеротрофное питание, поглощая органику. 25

Длительное пребывание в малоосвещённых местах приводит к «обесцвечиванию» зелёного тела эвглены: хлорофилл в хлоропластах разрушается, и эвглена приобретает бледно-зелёный или вовсе теряет цвет. 2 Однако при возвращении в освещённые места у эвглены вновь начинает иметь место автотрофное питание. 2

Кроме того, в неблагоприятных условиях (низкая температура, высыхание водоёма) эвглена зелёная образует цисту: при этом утрачивает жгутик, клетка приобретает округлую форму и покрывается плотной оболочкой. 5