Эннеаграмма не признаётся официальной наукой, потому что нет единого понимания её структуры и природы, а также унифицированного мнения о применимости этой концепции. 1

Некоторые причины, по которым эннеаграмму считают псевдонаучной:

• Отсутствие валидных тестов для определения типов эннеаграммы. 2 Каждый автор составляет тесты на основании своего интуитивного понимания концепции. 5
• Субъективные интерпретации в модели эннеаграммы, что осложняет её научную проверку и валидацию. 2
• Слишком общие описания типов эннеаграммы, которые иногда могут больше походить на гороскопы, чем на эмпирически проверенные описания личности. 3

В 2011 году научный скептик и писатель Роберт Тодд Кэрролл включил эннеаграмму в список псевдонаучных теорий. 1