Электронные микроскопы дают только чёрно-белые изображения, потому что для модуляции ответного сигнала, поступающего на детектор, используется шкала яркостей в градациях серого. 2

Это связано с тем, что микроскоп испускает электроны, а не свет, и любые красители в «электронном» свете становятся блёклыми или прозрачными. 45 Для окрашивания образца используют только тяжёлые металлы, такие как свинец и уран, и картинка получается монохромной. 14

Однако существуют способы получать цветные изображения с помощью электронного микроскопа, например, используя цветовую таблицу соответствия или несколько детекторов электронов. 3