Электрофорез в геле не считается устаревшим методом детекции ДНК, но у него есть некоторые недостатки, которые могут ограничивать его применение. 13

Некоторые из проблем:

• Трудоёмкость. 1 Метод требует значительных усилий на всех этапах: от пробоподготовки до анализа результатов. 1
• Искривление электрофоретического фронта. 1 Из-за особенностей проведения электрофореза фронт часто искривляется, что влияет на точность определения длины фрагментов ДНК. 1
• Ограничение количества исследуемых образцов. 1 Количество образцов на один гель ограничено размерами камеры для электрофореза и необходимостью большого количества контрольных образцов. 1
• Низкая разрешающая способность. 1 Например, агарозный гель имеет меньшую разрешающую способность по сравнению с полиакриламидным. 1

В качестве альтернативы электрофорезу в геле существуют другие методы детекции ДНК, например флуоресцентные, которые позволяют проводить анализ с большей точностью и автоматизацией. 3