Электрофорез в геле больше не используется для детекции амплифицированной ДНК по нескольким причинам:

• Трудоёмкость процедуры. 34 Электрофорез требует больших затрат времени на всех этапах: от пробоподготовки до анализа результатов. 3
• Сложности с трактовкой результатов. 1 Электрофоретическая детекция позволяет проводить только качественный анализ, при этом результаты могут быть субъективными. 1
• Высокий риск контаминации. 12 Для устранения этого риска нужны повышенные требования к организации лаборатории, что увеличивает затраты. 1
• Ограничение по количеству исследуемых образцов. 3 Количество образцов на один гель ограничено размерами камеры для электрофореза и необходимостью большого количества контрольных образцов. 3

Вместо электрофореза для детекции амплифицированной ДНК используют флуоресцентные методы, которые позволяют минимизировать риск контаминации и уменьшить число ложноположительных результатов. 1

Также для разделения очень больших фрагментов ДНК применяют гель-электрофорез в импульсном поле. 5