Экотон является важной переходной зоной между различными биоценозами, потому что для него характерен повышенный уровень биологического разнообразия. 12 Это определяется «экотонным эффектом» — повышением видовой насыщенности за счёт пересечения экологических амплитуд видов из разных систематических и экологических групп. 1

В пределах экотона могут формироваться особые сообщества с мозаичной структурой, включающие популяции видов из смежных сообществ, а также виды, свойственные самому экотону. 1

Экотоны определяют возможность континуальности биогеоценотического покрова, осуществляя функцию соединения различных природных или агротехнических систем. 3 Они также исполняют роль природных мембран и буферную функцию, а также функцию убежищ для ряда видов организмов. 3