Эффект основателя важен для изучения путей расселения древних людей и эволюции новых видов, потому что он приводит к снижению и смещению генетического разнообразия при заселении малым количеством представителей вида новой географической территории. 12

Для оценки путей расселения древних людей эффект основателя позволяет оценить, как миграция на новые места обитания влияла на генофонд и степень родства между современными популяциями или народами. 12 Например, по данным эффекта основателя, самое большое генетическое разнообразие наблюдается у африканцев — своего рода исходной популяции, а у всех остальных генофонд менее разнообразен, что говорит о наличии единого предка, вышедшего из Африки. 3

Для изучения эволюции новых видов эффект основателя помогает понять, как по мере естественного отбора происходит дивергенция от основного вида и в данном регионе развивается новая группа организмов. 4 Например, как при расселении Drosophila melanogaster (вида, имеющего афротропическое происхождение) в Евразию произошла потеря многих вариантов хромосомных инверсий, микросателлитных и изоферментных маркеров. 1