Эффект основателя считается важным процессом в эволюции новых видов, потому что он приводит к снижению и смещению генетического разнообразия при заселении малым количеством представителей рассматриваемого вида новой географической территории. 24

При таком заселении малое количество исходных особей, имеющих частоты аллелей генов (или других генетических маркеров), случайно отклоняющиеся от характерных для вида в среднем, дают начало новым популяциям. 2 В образовавшихся популяциях частоты рассматриваемых аллелей будут так же смещены, как и в исходной группе особей. 2

В результате потери генетической изменчивости новая популяция может отчётливо отличаться как генотипически, так и фенотипически от родительской популяции, из которой она произошла. 5 Считается, что в крайних случаях эффект основателя приводит к видообразованию и последующей эволюции новых видов. 5