Эффект «бутылочного горлышка» важен для сохранения биологического разнообразия, потому что приводит к уменьшению генофонда популяции. 24 Из-за этого теряются многие варианты генов, которые присутствовали в ней до события «узкого места». 2

Сокращение генетических вариаций снижает устойчивость популяции к внешним условиям и способность адаптироваться и выживать в новых условиях. 5 В такие периоды у вида наблюдается значительный дрейф генов — случайные изменения частоты аллелей (различных форм одного гена), генотипов и даже утрата отдельных аллелей. 5

Однако есть и положительное влияние эффекта «бутылочного горлышка»: исследователи допускают, что «узкие места» в популяциях могут даже приводить к возникновению новых видов. 2