Несколько причин, по которым «ё» часто путают с «е» при звуковом анализе слов:

• Факультативность буквы «ё». 1 Её употребление факультативно, что позволяет читать слова на своё усмотрение. 1
• Изменение произношения слов в устной речи. 1 Что-то из этого попадает в словари как новая норма, а что-то считается ошибкой. 1
• Историческое происхождение. 12 В древнерусском языке звука «ё» изначально не было. 2 Постепенно произошёл так называемый переход «е» в «о»: под ударением после мягких согласных перед твёрдыми согласными звук [э] превращался в [о]. 1 То есть в этой позиции «е» фактически превратилась в «ё», хотя сама буква появилась намного позже. 1

Например, в слове «свёкла» под ударением после мягких согласных перед твёрдыми согласными «е» превращается в «ё», а в безударной позиции — остаётся. 1