Дупликации генов считаются основным эволюционным механизмом, потому что они открывают возможности для формирования новых генов и генетических систем. 1

Изменения в гене-дубликате, не нарушая работу исходного гена, дают возможность для его превращения в новый полезный элемент генома. 1 При этом решена проблема сохранения исходных генов при возникновении и закреплении мутаций в их дуплицированных копиях. 1

Согласно гипотезе японского учёного Сусуму Оно, выдвинутой в 1970 году, дупликация гена высвобождает одну из копий от ограничений отсекающего отбора и, таким образом, эта копия получает потенциал развития новой функции (феномен, позднее названный неофункционализацией). 4

Например, белки хрусталика глаза (кристаллины) у птиц и рептилий произошли от другого белка именно таким способом перестройки ДНК. 5