Несколько причин, по которым доминирующие гены могут приводить к неожиданным фенотипическим результатам в генетике:

• Неполное доминирование. 12 При этом типе доминирования доминантный ген не полностью подавляет действие рецессивного гена, поэтому у гетерозиготы проявляется промежуточный признак. 3 Например, наследование типа волос: кудрявый тип волос — доминирующий, а волнистые волосы будут у особей с гетерозиготным генотипом. 1
• Влияние множественных аллелей. 2 Полиморфизм может влиять на отношения доминирования и фенотип. 2 Например, ген, ответственный за группу крови человека, состоит из трёх аллелей: A, B и O, и их взаимодействие приводит к появлению различных групп крови в зависимости от уровня доминирования. 2
• Плейотропные гены. 2 Это гены, в которых один-единственный ген влияет на два или более признака (фенотип). 2 Ген может оказывать доминирующее влияние на один признак, но более рецессивное — на другой признак. 2
• Эпистаз. 24 Это взаимодействие между множеством аллелей в разных локусах. 2 Отношения доминирования между аллелями, участвующими в эпистатических взаимодействиях, могут влиять на наблюдаемые фенотипические соотношения у потомства. 2