ДНК с высоким содержанием GC более стабильна, чем ДНК с низким содержанием GC, из-за особенностей водородных связей. 12 Пара GC соединена тремя водородными связями, тогда как пара AT (аденин — тимин) — двумя. 1 Поэтому ДНК с высоким содержанием GC более устойчива к денатурации в растворе, чем ДНК с низким. 1

Кроме водородных связей, на стабильность вторичной структуры ДНК влияют гидрофобные или стэкинг-взаимодействия между соседними нуклеотидами, которые не зависят от последовательности оснований нуклеиновых кислот. 1 Они наиболее благоприятны для укладки GC-GC и менее благоприятны для укладки AT-AT, что также объясняет, почему GC-богатые участки ДНК термодинамически более стабильны. 3