Выбор между радиоактивными и флуоресцентными метками для секвенирования ДНК зависит от конкретных условий и целей исследования.

Радиоактивные метки использовали в первоначальном методе секвенирования, разработанном Фредериком Сэнгером и его коллегами в 1977 году. 1 В этом случае один из дезоксинуклеотидов радиоактивно помечен по α-положению фосфата ( 32 P). 1 После завершения реакции содержимое пробирок разделяют электрофорезом в полиакриламидном геле и проводят авторадиографию гелей. 3

Флуоресцентные метки используют в современном методе секвенирования, который позволяет проводить реакцию в одной пробирке. 13 Для этого применяют дидезоксинуклеотиды с флуоресцентными метками с разными длинами волн испускания. 3 Реакционную смесь разделяют капиллярным электрофорезом, а выстроившиеся в синтезируемую цепочку ДНК меченые нуклеотиды регистрируют детекторами флуоресценции. 1