Основные красители чаще используют для окраски микроорганизмов, потому что они обладают большим сродством к структурам микробной клетки. 1

Это обусловлено тем, что в обычных средах бактерии несут отрицательный поверхностный заряд, а внутри них содержатся вещества кислой природы (ДНК и РНК). 1 Так как красящая часть основных красителей несёт положительный заряд, этот тип красителей более интенсивно связывается с ядерными (кислыми) компонентами клеток. 3

В то же время кислые красители при обычных значениях pH слабо фиксируются клеткой и легко удаляются из неё при отмывании, поэтому их используют при негативной окраске, когда окрашивается фон препарата, на котором видны неокрашенные бактерии. 1

Таким образом, основные красители позволяют более чётко определить формы и размеры клеток микроорганизмов, исследуя их анатомические структуры (наличие капсул, спор, жгутиков, ядерного вещества, мембраны и т. д.). 4