Метод Циля-Нильсена используется для окраски кислотоустойчивых бактерий, потому что такие микроорганизмы плохо окрашиваются разведёнными растворами красителей. 1

Кислотоустойчивость бактерий обусловлена наличием в их клетках липидов, воска и оксикислот. 1 Для облегчения проникновения красителя в клетки микроорганизмов нанесённый на препарат карболовый фуксин Циля подогревают над пламенем горелки. 1

Принцип метода состоит в том, что при одновременном воздействии нагрева и сильного протравливающего вещества — фенола (карболовой кислоты), на котором готовится основное красящее вещество фуксин, облегчается проникновение анилинового красителя в микробную клетку и, особенно, в структуры её клеточной стенки. 3

Последующее обесцвечивание мазка приводит к обесцвечиванию всех некислотоустойчивых структур. 3 Только кислото- и спиртоустойчивые микроорганизмы стойко удерживают краситель и остаются после обесцвечивания окрашенными в малиново-красный цвет. 3