Длина усиливаемых фрагментов ДНК в полимеразной цепной реакции (ПЦР) ограничена из-за использования праймеров — коротких одноцепочечных фрагментов, которые служат затравкой для наращивания нуклеотидной цепи. 1
Для осуществления ПЦР необходимы два праймера, которые связываются с обеими цепями ДНК и ограничивают амплифицируемый фрагмент. 1 Обычно его длина составляет около 500–2000 пар нуклеотидов, но при определённых условиях может достигать и 10 000 пар нуклеотидов. 1
Кроме того, рост требуемого продукта в ПЦР ограничен количеством реагентов, присутствием ингибиторов и образованием побочных продуктов. 25