Длина нетранслируемых областей варьируется у разных организмов по нескольким причинам:

• Длина 5'-нетранслируемой области (5'-НТО) приблизительно одинакова среди всех таксономических групп эукариот и составляет от 100 до 200 нуклеотидов. 12 В то же время длина 3'-НТО гораздо более вариабельна и может составлять от 200 нуклеотидов у растений и некоторых животных до 800 нуклеотидов у человека и других позвоночных. 12
• Длина нетранслируемых областей значительно изменяется в пределах одного вида и может принимать значение от 12 до нескольких тысяч нуклеотидов. 12 Это происходит за счёт использования различных сайтов начала транскрипции, сайтов полиаденилирования и сплайсинга. 12
• На длину нетранслируемых областей влияет состав оснований. 12 Гены, локализованные в GC-богатых участках хромосом, имеют более короткие 5'-НТО и 3'-НТО, чем гены, расположенные в изохорах, более бедных GC. 12