Динофлагелляты считаются важной группой в экосистеме морей и океанов по нескольким причинам:

• Выступают в качестве основных первичных продуцентов. 1 Фототрофные динофлагелляты способны вызывать цветение воды. 1
• Определяют качество воды. 3 Динофлагелляты образуют первый трофический уровень и фундамент межвидовых взаимоотношений (паразитизм, антагонизм, симбиоз). 3
• Вырабатывают кислород. 4 Динофлагелляты — важная группа фитопланктона, которые вырабатывают кислород в морской и пресноводной воде. 4
• Некоторые виды вступают в симбиотические отношения с более крупными животными, включая кораллы, медуз, морских анемонов, голожаберных моллюсков и других. 4

Однако у динофлагеллят есть и негативные стороны: часто в их клетках образуются токсины, которые накапливаются в тканях моллюсков, ракообразных, рыб и могут привести к отравлению животных, питающихся ими, а также человека. 15