Дигибридное скрещивание считается сложным и трудоёмким методом, потому что организмы различаются по многим генам и, как следствие, по многим признакам. 3

Чтобы одновременно проанализировать наследование нескольких признаков, нужно изучить наследование каждой пары признаков в отдельности, не обращая внимания на другие пары, а затем сопоставить и объединить все наблюдения. 3

Кроме того, при дигибридном скрещивании расщепление по каждой паре альтернативных признаков происходит независимо от других. 5 По сути, такое скрещивание представляет собой два независимо идущих моногибридных скрещивания. 5