Диатомовые водоросли имеют большое значение в экосистемах пресных водоёмов, потому что они служат мощным и неиссякаемым источником органического вещества. 3 Они служат постоянной кормовой базой и первоначальным звеном в пищевых цепях для многих организмов. 3 Отмирая, диатомовые водоросли дают детрит и растворимые органические вещества, которые идут на питание бактерий и простейших. 3

Ещё несколько причин, почему диатомовые водоросли важны:

• Участвуют в осадконакоплении. 3 Опускаясь из поверхностных вод и отмирая в бентосе, панцири диатомей скапливаются на дне в огромном количестве, образуя в океанах и пресных водоёмах диатомовые илы. 3
• Служат индикаторами состояния водоёмов. 5 Некоторые виды диатомовых водорослей используют для оценки санитарного состояния прибрежных вод. 2
• Участвуют в образовании горных пород. 1 Скопления створок диатомовых водорослей образуют кремнистую породу — диатомит, которая применяется в пищевой, химической и медицинской промышленности. 5