Денатурация ДНК может привести к ошибкам в спаривании оснований, потому что при её проведении разрываются водородные связи между нуклеотидами, что приводит к разрыву пары оснований и разделению двухцепочечной спирали на две отдельные нити. 5

В результате одноцепочечные молекулы ДНК образуют случайным образом сформированные клубки без определённой структуры. 1 Это может способствовать ошибкам спаривания, когда основание в матричной цепи ДНК в течение короткого времени находится в другой таутомерной форме и позволяет присоединить в комплементарной цепи неверное основание. 2 Например, наиболее частая ошибка такого типа — встраивание аденина вместо цитозина с образованием пары AG. 2

Также ошибки в спаривании оснований могут возникать, если к основаниям присоединяются метильные или этильные группы, что приводит к изменению их свойств и, как результат, к образованию неверной пары. 2