Цианобактерии первоначально назвали «сине-зелёными водорослями» из-за сходства с водорослями по протеканию физиологических процессов и занимаемой экологической ниши. 5
Также есть мнение, что название связано с цветом цианобактерий: большая часть из них окрашена в ярко-зелёный цвет, но есть и красноватые, и даже почти чёрные. 5
Однако позже выяснилось, что цианобактерии не являются настоящими водорослями, так как у них отсутствуют ядра и они расположены в отдельных клетках. 3 На основании этого цианобактерии были отнесены к бактериям и получили современное название — цианобактерии. 5