Некоторые причины сокращения численности сибирского крота в таёжных регионах Сибири:

• Глубокое промерзание почвы. 14 Из-за этого крот лишается возможности добывать корм. 3 В кризисных ситуациях (метеорологические условия и недостаток пищи) в первую очередь погибают наиболее старые особи. 3
• Уменьшение площадей хвойного леса. 15 Это приводит к увеличению глубины промерзания почвы зимой, что неблагоприятно влияет на популяцию крота. 15
• Изоляция участков обитания. 14 Подходящие для крота участки имеют ограниченные размеры и изолированы друг от друга горной тайгой, что делает вид уязвимым. 14
• Промысел. 14 В первой половине XX века в Бурятии и на Алтае крота добывали ради меха, что привело к подрыву численности. 12

Сибирский крот не относится к охраняемым видам, но считается повсеместно малочисленным. 12