Некоторые причины сокращения численности обыкновенной пустельги в конце XX века:

• Загрязнение среды пестицидами. 13 Пустельга живёт и охотится на сельскохозяйственных угодьях, а пестициды, которые применялись бесконтрольно, могли приводить к гибели птиц. 3
• Сокращение численности мышевидных грызунов. 2 Пустельга питается в основном этими животными. 3
• Изменение условий гнездования. 2 Это могло быть связано с культурно-техническими и мелиоративными работами. 2
• Вытеснение птиц с привычных мест обитания. 4 Человек расширял возделываемые территории, вырубал леса, занимался заготовкой древесины, что затрудняло жизнедеятельность пустельги. 4
• Лесные пожары. 4 Они уничтожали растительность, лишая птиц привычных мест гнездования. 4
• Браконьерство. 1 Также пустельгу беспокоило разорение гнёзд вблизи населённых пунктов. 1

В некоторых регионах, например в Москве, с 2001 года пустельга обыкновенная занесена в Красную книгу города как уязвимый вид. 4