Численность гуанако в дикой природе сокращается из-за браконьерства и отбора пастбищ для выпаса домашнего скота. 15

Гуанако являются объектом охоты ради кожи, ценной шерсти и мяса. 4 Кроме того, ограждения, которые возводят владельцы ранчо, мешают миграционным маршрутам гуанако и убивают их детёнышей, которые запутываются в проводах. 2

В результате воздействия человека гуанако сегодня занимают менее 40% их первоначального ареала, и существующие популяции зачастую невелики и очень разрознены. 2