Несколько причин, по которым численность белок-летяг в природе остаётся небольшой:

• Сокращение мест обитания. 23 Белки-летяги предпочитают жить в старовозрастных лиственных и смешанных лесах, которых становится всё меньше. 3
• Уменьшение числа дуплистых деревьев. 1 Для размножения белкам необходимы дуплистые деревья, их количество в последние годы снижается. 1
• Увеличение числа природных врагов. 2 На белок-летяг охотятся, например, совы и куницы. 24

Учёные предполагают, что численность белок-летяг также сократилась из-за интенсивной рубки леса. 2

Для охраны вида важно, чтобы в заповедниках сохраняли старовозрастные леса и развешивали искусственные гнездовья (дуплянки). 1