Чередование гласных в корнях -клон- и -клан- считается историческим, потому что связано с процессами, происходившими в индоевропейский, общеславянский периоды, а также в ранние периоды развития языка. 3

Некоторые причины чередования:

• Утрата количественных различий в гласных. 3 Глаголы со значением многократного действия имели в корне гласный «а», глаголы со значением однократного действия — гласный «о». 3
• Влияние закона открытого слога. 2 В дописьменный период развития славянских языков границей слога был гласный звук как самый звучный, поэтому была возможность растягивать звуки. 2
• Влияние разных произношений в диалектах славянских народов. 2 Например, где-то было распространено оканье — склонность произносить безударные «о» так же, как ударные. 2

Корень «клон-» — общеславянский, его основное значение — «нагибать», вариант «клан-» является перегласовкой. 1