Чередование гласных в корнях -клон- и -клан- считается историческим, потому что связано с процессами, происходившими в индоевропейский, общеславянский периоды, а также в ранние периоды развития языка. proza.ru
Некоторые причины чередования:
- Утрата количественных различий в гласных. proza.ru Глаголы со значением многократного действия имели в корне гласный «а», глаголы со значением однократного действия — гласный «о». proza.ru
- Влияние закона открытого слога. school9atk.ucoz.ru В дописьменный период развития славянских языков границей слога был гласный звук как самый звучный, поэтому была возможность растягивать звуки. school9atk.ucoz.ru
- Влияние разных произношений в диалектах славянских народов. school9atk.ucoz.ru Например, где-то было распространено оканье — склонность произносить безударные «о» так же, как ударные. school9atk.ucoz.ru
Корень «клон-» — общеславянский, его основное значение — «нагибать», вариант «клан-» является перегласовкой. www.livelib.ru