Некоторые причины, по которым частотные алгоритмы могут давать неверные результаты:

• Отличие распределения частот встречаемости символов в тексте от стандартного. 5 Это может происходить в небольших по объёму текстах или текстах специфического характера, например с большим числом цифр, формул или специальных терминов. 5
• Близость частот встречаемости некоторых символов. 5 Даже в больших текстах частотный анализ может не дать полной расшифровки, так как многие символы алфавита обладают близкими по значению частотами встречаемости. 5
• Непригодность метода для определённых шифров. 1 Например, частотный анализ не работает для шифров перестановки, где символы или их последовательности в сообщении просто меняются местами, но их число всегда постоянно. 1
• Отсутствие учёта частоты сочетаний букв. 2 Для более точной работы частотные алгоритмы должны учитывать частоту сочетаний букв в тех или иных местах слов, например распространённые окончания. 2

Частотный анализ — лишь один из инструментов, который может помогать в работе, а для получения точных результатов могут потребоваться дополнительные методы. 25