Почему буквы Я и Ю считаются сложными для написания?

Буквы «я» и «ю» могут казаться сложными для написания из-за особенностей их употребления. rus.stackexchange.com

Некоторые правила использования этих букв:

• Ограничения в позициях. rus.stackexchange.com Буквы «я» и «ю» не применяются после гортанных «к», «г», «х», шипящих «ш», «ч», «ж», «щ», а также в позиции после «ц». rus.stackexchange.com
• Употребление после согласных. gramota.ru После «м», «в», «б», «ф», «п» буква «ю» практически всегда требует отделения при помощи мягкого знака или буквы «л». rus.stackexchange.com
• Исторически обусловленные ограничения. rus.stackexchange.com Например, буква «ю» после «с», «з», «т», «д» может использоваться только в ряде окончаний существительных, но не в глаголах. rus.stackexchange.com

Кроме того, буквы «я» и «ю» могут обозначать два звука в разных случаях. infourok.ru Например, в начале слова, после гласных или после разделительных «ь» и «ъ». infourok.ru