Буква «е» в словах «пчела» и «пчёлы» обозначается разными звуками из-за чередования гласных букв «е» и «ё» в корне слова. 1

В слове «пчела» буква «е» обозначает безударный гласный звук [и]. 23

В слове «пчёлы» буква «ё» — ударный гласный звук [о]. 45

Это историческое чередование, звук «о» после мягких согласных закрепился в языке только к концу XVIII века, раньше говорили «пчела» — «пчёлы» (буква «е», а не «ё»). 1