Бонобо внесены в Красную книгу как уязвимый вид по нескольким причинам:

• Браконьерство. 13 Из-за мирного характера на бонобо охотятся не только для незаконной торговли мясом, но и для использования в качестве домашних животных и в традиционных лекарствах. 1
• Разрушение среды обитания. 13 Политическая нестабильность делает создание охраняемых территорий сложнее, чем в других частях Африки. 1 Кроме того, значительная часть лесов в местах обитания бонобо теряется из-за преобразования в сельскохозяйственные угодья и развития городов. 1
• Заболевания. 1 У бонобо наблюдаются инфекционные болезни, которые иногда затрагивают целые популяции. 1 Особенно быстро заболевания распространяются в местах, где среда обитания совпадает с высокой плотностью населения. 1
• Низкие темпы размножения. 15 Цикл размножения бонобо медленный: зрелые самки рожают одного ребёнка раз в 5–6 лет после восьмимесячного периода беременности. 1

Кроме того, бонобо живут исключительно в бассейне реки Конго в Демократической Республике Конго, где социальные волнения ограничивают исследовательскую деятельность. 4