Несколько причин, по которым большинство новых мутаций не проявляются в фенотипе организма:

• Мутация происходит в неэкзонной области гена. 2 Это может не повлиять на структуру белка, который кодирует этот ген, и, следовательно, не привести к изменению фенотипа. 2
• Гетерозиготный организм имеет мутацию только на одном из аллелей гена, тогда как другой аллель будет нормальным. 2 В этом случае мутация может не проявляться в фенотипе, так как функция нормального аллеля может компенсировать недостаток функции мутировавшего аллеля. 2
• Мутация рецессивная и не проявляется в гетерозиготном состоянии. 4 Она может длительное время сохраняться у особей вида в гетерозиготном состоянии без вреда для организма и проявиться в будущем при переходе в гомозиготное состояние. 3