Болонская система высшего образования вызывает дискуссии среди специалистов по нескольким причинам:

• Неравномерность уровня подготовки. 1 В разных вузах стандарты образования могут существенно различаться. 1 Это приводит к тому, что выпускники из одних учебных заведений зачастую оказываются хуже подготовленными, чем их сверстники из других. 1
• Адаптация к новым формам обучения. 1 Внедрение кредитно-модульной системы требует от студентов высокой самоорганизации и умения планировать своё время. 1 Это может стать серьёзной преградой для тех, кто привык к традиционным методам обучения. 1
• Ограниченные возможности для углублённого изучения. 1 В рамках системы может страдать глубина отдельных дисциплин, так как курс становится слишком загруженным количеством тем. 1
• Проблемы с квалификацией преподавателей. 1 Не все преподаватели готовы к переходу на новые образовательные стандарты. 1
• Финансовая нагрузка. 1 Некоторые студенты сталкиваются с повышением стоимости обучения и дополнительными расходами на учебные материалы. 1
• Неясные критерии оценки. 1 Система оценки знаний может оказаться запутанной и недостаточно прозрачной, что создаёт трудности при достижении академических целей. 1
• Сокращение студенческой практики. 5 При введении четырёхлетнего образования самой большой потерей оказалось сокращение практики, которая начиналась в программе специалитета на старших курсах. 5

Кроме того, некоторые эксперты считают, что Болонская система не отвечает потребностям времени и многие специалисты говорят о необходимости выхода из неё и возврата к традиционной русской системе образования. 3