Биогенетический закон, предложенный Эрнстом Геккелем, стал объектом научной критики в XX веке по нескольким причинам: 12

• Ошибки в иллюстрациях. 2 Геккель использовал рисунки, представляющие эмбриональное развитие различных видов, в поддержку своего закона. 2 Однако его обвиняли в манипуляции данными и существенных искажениях в своих рисунках. 2
• Избирательный выбор иллюстраций. 2 Геккель выбирал примеры, которые наилучшим образом соответствовали его идеям, пренебрегая теми, которые не так хорошо подходили под его теорию. 2
• Избыточное упрощение. 2 Геккель представлял филогенетическое развитие через эмбриональное развитие слишком упрощённо, не учитывая сложности и разнообразие эволюционных процессов. 2
• Несоответствие фактам. 2 Современные исследования эмбриологии и эволюционной биологии выявили множество случаев, когда эмбриональное развитие не повторяет филогенетическое прошлое. 2
• Отсутствие общей теоретической основы. 2 С течением времени многие биологи и исследователи пришли к выводу, что отношения между эмбриональным и филогенетическим развитием более сложны и не могут быть сведены к простому правилу «онтогенез повторяет филогенез». 2

В результате этих критик биогенетический закон стал рассматриваться с большой осторожностью, и его ценность в научных терминах была серьёзно подорвана. 2