Белки способны избирательно взаимодействовать с лигандами благодаря комплементарности структуры активного центра белка и структуры лиганда. 24

Под комплементарностью понимают пространственное и химическое соответствие взаимодействующих молекул. 4 Лиганд присоединяется к определённому участку на поверхности белковой молекулы — активному центру (центру связывания). 2

Кроме того, благодаря конформационной лабильности белка, активный центр способен к небольшим изменениям и «подгоняется» под лиганд. 4 Также между функциональными группами лиганда и радикалами аминокислот, образующих активный центр, возникают связи, удерживающие лиганд в активном центре. 4

Связи между белком и лигандом могут быть как ковалентными, так и нековалентными. 2