Байбак считается одним из уязвимых грызунов по нескольким причинам:

• Чувствительность к снижению влаги в корме. 1 После степных пожаров, когда погибает практически вся сочная флора, байбаки массово залегают в спячку задолго до наступления её физиологических сроков. 1
• Влияние состава кормовой базы. 1 Когда байбаки оказываются среди распаханных участков, то лишь непродолжительное время могут там существовать за счёт окружающей культурной растительности. 1 Такая ситуация заставляет животных либо откочевывать с полей, либо гибнуть. 1
• Влияние хищников. 15 Основными врагами байбаков являются дикие и пастушьи собаки, человек, лисы, волки и хищные птицы. 1 Очень много гибнет сурчат первого года жизни, так как они являются хорошей добычей для хищников. 1
• Влияние человека. 4 Байбак — животное промысловое, на него охотятся ради жира, мяса и меха. 4 Кроме того, из-за распашки земель сурку просто негде жить. 4

Одно время байбаки стали очень редкими, а во многих местах своего ареала исчезли совсем. 5 Это было связано с распашкой степей, насаждением лесополос, а также чрезмерной охотой. 5