Бактериофаги считаются важным элементом в экосистемах водоёмов, потому что они влияют на численность, видовой состав и разнообразие планктонных микроорганизмов, а также изменяют потоки вещества и энергии в микробных сообществах. 35

Вот ещё несколько причин:

• Удаление из экосистемы части бактерий, уничтоженной фагами, уменьшает интенсивность перевода нерастворимого (взвешенного в водной толще и осаждающегося на дно) биогенного вещества (различных частиц, отмерших организмов и др.) в растворённое (расщеплённое, гидролизованное). 1 Таким образом фаги нарушают классическую пищевую цепь. 1
• Разрушение бактерий приводит к высвобождению из них органических веществ, за увеличением концентрации которых в среде следует изменение сообщества других микроскопических организмов — микроводорослей. 1 Одни из них ответят на это активным ростом, «цветением», другие будут угнетены. 1
• Вирусы являются посредниками генетического обмена внутри вида и между видами через трансдукцию. 3