Бактериофаги не вымерли, несмотря на систему CRISPR-Cas, благодаря способности обходить её за счёт случайных мутаций и отбора. 1

Чтобы конкретный спейсер системы CRISPR потерял эффективность, достаточно даже незначительного изменения комплементарного ему фрагмента фагового генома. 1 Поэтому фаги успешно и довольно быстро преодолевают приобретённый иммунитет бактерий. 1

Кроме того, у бактериофагов есть особые гены, подавляющие работу CRISPR. 12 При этом бактериофаги не могут содержать в своём геноме множество подобных генов, так как отбор у них ведётся преимущественно в направлении компактизации генома — в угоду увеличению скорости размножения. 1

Таким образом, существует баланс между бактериофагами и бактериями, который поддерживается за счёт параллельной эволюции этих организмов. 12