Бактериофаги не уничтожают все бактерии в природе, потому что у бактерий есть собственные защитные механизмы. 4

Некоторые из них:

• Отсутствие рецепторов к определённому фагу. 1 Бактерия может быть изначально лишена рецепторов или лишиться их посредством мутаций. 1
• Иммунизация профагами. 1 Уже «прописавшиеся» в бактерии профаги с помощью специфических репрессоров не дадут вновь прибывшим сородичам размножиться. 1
• Рестрикционно-модификационные системы. 1 Они расщепляют на кусочки нуклеиновые кислоты, не содержащие особых метильных меток. 1

Кроме того, естественный отбор даёт преимущество мутантам бактерий с поверхностными белками-рецепторами, которые перестали узнаваться определённым типом фага. 4