Бактериофаги не вытесняют генотипирование, но их изучение и использование в современной микробиологии возросло по нескольким причинам: 1

• Выяснилось, что бактериофаги играют важную роль в эволюции генома хозяина. 1 В результате секвенирования бактериальных геномов стало понятно, что большинство бактерий являются лизогенными хотя бы по одному фагу. 1
• Экологи обнаружили, что количество фаговых частиц в почве и воде значительно превышает их количество в бактериальных клетках. 1 Была признана роль фагов во влиянии на популяционную динамику и эволюцию бактерий, а также в поддержании природных биогеохимических циклов. 1
• Бактериофаги стали альтернативой антибиотикам, к которым у болезнетворных бактерий всё чаще обнаруживается устойчивость, а химическое разнообразие антибиотиков давно исчерпано. 1
• Бактериофаги обладают генетической пластичностью, что позволяет исследователям настраивать их для выполнения различных задач, модифицируя их генетический материал. 4

Кроме того, бактериофаги — простые биологические объекты, их можно легко и быстро выращивать и анализировать. 3