Бактерии используют метилирование для маскировки сайтов рестрикции чтобы защитить свою собственную ДНК от повреждения собственными расщепляющими ферментами — эндонуклеазами. 12

Эндонуклеазы рестрикции распознают достаточно короткие последовательности, из-за чего у бактерий возникает опасность повреждения своей ДНК. 1 Метилирование определённых участков ДНК не даёт рестриктазам опознавать сайт рестрикции, на который они нацелены, и, соответственно, не даёт им разрезать свою собственную ДНК. 1

Таким образом, метилирование — часть системы рестрикции-модификации, которая помогает бактериям отличить свою ДНК от чужеродной, например, от фаговой, по паттерну метилирования. 2