Ауксотрофные микроорганизмы важны для научных исследований, потому что позволяют точно определить конкретные гены и пути, участвующие в биосинтезе, наблюдая за закономерностями роста мутантов с различными потребностями в питании. 1

Также их применяют в биохимических и генетических исследованиях, а также в качестве биологических индикаторов присутствия в средах витаминов, аминокислот, азотистых оснований и некоторых других веществ. 4