Археоптерикс больше не считается единственной переходной формой между рептилиями и птицами, потому что учёные обнаружили множество других анатомически переходных форм (Aurornis, Wellnhoferia, Xiaotingia, Anchiornis, Rahonavis и другие). 12

Кроме того, были найдены более ранние примитивные птицы, например конфуциусорнис, который уже имел клюв и пигостиль и был сравнительно более продвинутым, чем археоптерикс. 1

Также некоторые учёные считают, что археоптерикс не был предком современных птиц, а принадлежал к боковой ветви ящеров, не добившейся эволюционного успеха. 3 На это указывают характерные отверстия, расположенные на черепе археоптерикса за носом — у птиц таких отверстий нет. 3