Анализирующее скрещивание не всегда позволяет определить точное сцепление генов, потому что сцепление может быть неполным из-за влияния кроссинговера — перекрещивания и обмена участками гомологичных хромосом в процессе мейоза. 14

Частота кроссинговера зависит от расстояния между генами. 1 Чем ближе друг к другу расположены гены в хромосоме, тем сильнее между ними сцепление и тем реже происходит их расхождение. 1 И, наоборот, чем дальше друг от друга отстоят гены, тем слабее сцепление между ними и тем чаще возможно его нарушение. 1

В результате кроссинговера при анализирующем скрещивании могут появиться четыре фенотипа, два из которых имеют новое сочетание генов. 4

Таким образом, результат скрещивания зависит от типа сцепления генов: полное или неполное. 34