Анализ ДНК в воде считается более сложным, чем в наземных средах, по нескольким причинам:
- Быстрая деградация ДНК в водной среде. 35 Это происходит под влиянием различных факторов, в том числе температуры воды: чем выше температура, тем быстрее разрушается ДНК. 35
- Разная продолжительность деградации в зависимости от условий окружающей среды. 1 Это может влиять на выводы о мелкомасштабных пространственно-временных тенденциях развития видов и сообществ. 1
- Неизвестное место отложения ДНК. 1 Она может перемещаться в толще воды, и неизвестно, где организм её отложил. 1
- Влияние кислотности воды на качество ДНК. 3 Зависимость между pH в интервале 5–9 и количеством ДНК в воде носит отрицательный характер: больше ДНК в кислой среде. 3