Причины мел-палеогенового вымирания, в ходе которого почти полностью исчезли аммониты, до конца не ясны. 1 Есть несколько гипотез: 1

• Падение астероида. 15 Одна из распространённых версий. 5 Астероид упал в район полуострова Юкатан, что привело к падению температуры и освещённости из-за облаков пыли. 1 Также возможно, что из-за падения астероида увеличилась кислотность воды в океане, что пагубно сказалось на животных, строящих раковины из карбоната кальция. 1
• Усиление вулканической активности. 5 С ней связывают изменение газового состава атмосферы, парниковый эффект и изменение освещённости Земли из-за выбросов вулканического пепла. 5
• Конкуренция с костистыми рыбами. 3 К концу мела началась бурная эволюция этих рыб, и аммониты, будучи малоподвижными, не могли противостоять быстро плавающим рыбам. 3

Кроме того, есть мнение, что вымирание аммонитов было обусловлено естественным ходом развития биосферы. 2