Амебы играют важную роль в экосистеме пресноводных водоёмов, потому что регулируют численность бактериальных организмов в озёрах и прудах, очищая водную среду от чрезмерного загрязнения. 1

Также амебы входят в состав планктона, который служит источником питания для более крупных обитателей водоёмов — мальков рыб, червей, моллюсков, мелких ракообразных. 2