Альтернативные стартовые кодоны встречаются в основном у прокариот, потому что бактерии, как правило, не обладают широким спектром факторов трансляции, контролирующих точность определения стартового кодона. 4

У прокариот первый кодон матричной РНК всегда кодирует модифицированный метионин (N-формилметионин), даже если в середине кодирующей последовательности альтернативный старт-кодон кодирует другую аминокислоту. 3 Например, GUG кодирует валин, а UUG — лейцин, если они находятся внутри кодирующей последовательности. 3 Если же эти кодоны находятся в начальном положении, первой аминокислотой будет метионин. 3

Такой эффект наблюдается из-за того, что для инициации трансляции используется специальная тРНК. 3 Она полностью комплементарна основному кодону (AUG) и частично комплементарна альтернативным кодонам (GUG, UUG). 3