Аллели с одинаковыми проявлениями могут иметь разное происхождение из-за мутаций — разных аллельные варианты возникают в результате этих процессов и отличаются определёнными нуклеотидными заменами, вставками и т. п.. 3

Кроме того, на фенотип (совокупность признаков) влияет взаимодействие генотипа и окружающей среды. 13 Поэтому организмы с одинаковым генотипом могут иметь разные признаки. 3

Ещё существует явление множественного аллелизма, при котором в каждом организме есть два аллельных гена, но самих аллелей может быть больше двух. 1 При таком раскладе только одна пара аллелей может проявлять фенотипические признаки, другие гены не задействуются. 1